Mercurey est un vignoble historique, dont le commencement de l’histoire remonte à l’époque gallo-romaine. En effet, la vigne y est introduite par les Romains. Ces derniers sont aussi à l’origine du nom du village, devenu un haut lieu viticole. Ils y édifient un temple dédié à Mercure, Dieu du Commerce, qui devient « Mercureis », puis « Mercurey ».
Le vignoble de Mercurey se développe principalement au Moyen-Âge, comme en témoignent plus tard les transactions de vignes du Château de Montaigu. Au fil des siècles, les vins de la région ne cessent de gagner en notoriété. Ils sont servis à la table des Ducs de Bourgogne, des Papes ou encore de Napoléon.
En 1878, la surface de production des vins de Mercurey atteint les 1 000 hectares environ, ravagée malheureusement par le phylloxera. Le vignoble est cependant reconstitué dès 1902.
En 1899, une première classification du vignoble de Mercurey est publiée dans la Revue des Viticulteurs. En dépit de ce classement, le nom « Mercurey » est souvent utilisé en Côte Chalonnaise pour des vins qui n’en sont pas issus. Ainsi, en 1923, un jugement est émis par le Tribunal de Chalon-sur-Saône, délimitant l’aire de l’appellation Mercurey. Ce jugement sert de base à l’INAO pour reconnaître officiellement l’Appellation d’Origine Contrôlée Mercurey en 1936.
Les violents orages particulièrement dévastateurs de 1984 figurent aussi parmi les faits les plus marquants de l’histoire de l’appellation. Suite à cet évènement, un remembrement du territoire est effectué. Après un redécoupage des terres et des travaux de terrassement pour prévenir l’érosion, il ne restera plus que 557 sur les 1 020 parcelles existantes.